阜宁县实行镇管村体制，辖阜城街道、吴滩街道、花园街道（江苏省阜宁经济开发区）、金沙湖街道（金沙湖旅游度假区）、黄河故道桃花源生态经济区、郭墅镇（盐城市阜宁高新技术产业开发区）、沟墩镇、陈良镇、三灶镇、新沟镇、陈集镇、羊寨镇、芦蒲镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、古河镇、罗桥镇、公兴社区、硕集社区。全县共有341行政村（居）。